Semestrul de toamnă

Titular de curs: dr. Rodica MARTEA, bir. 31 UnAŞM, E-mail: [email protected], [email protected] ;

Eligibilitatea: program de masterat Biologie, Biologie Moleculară.

Pre-rechezit: studii universitare de licenţă Ştiinţe ale naturii.

Structura:
curs teoretic - 15 ore (1 ore săptămânal)
laborator - 30 ore (2 ore săptămânal)
activităţi individuale - 105 ore

Activităţi formative
În contextul în care performanţa actuală a infrastructurii computaţionale asigură o abordare sistemică a organismelor vii, prin integrarea datelor obţinute la diferite niveluri de organizare a genomului şi îmbinarea elementelor in vivo, in vitro şi in silico ale experimentului biologic, studenţii ascultă un ciclu de lecţii de sinteză a tehnicilor informaţionale de prelucrare a datelor biologice şi de integrare pe verticală a informaţiei la nivel molecular şi pînă la nivel de populaţii, specii şi comunităţi intraspecifice. În cadrul activităţilor practice studenţii vor utiliza un şir de instrumente bioinformatice pentru studierea diversităţii şi evoluţiei genelor şi a produşilor de expresie pentru diverse organisme vii (microorganisme, plante, animale), etc.

Conţinutul cursului
Scurt istoric şi direcţiile de cercetare în Bioinformatică. Bazele de date, diversitate şi importanţă. Formate şi instrumente de înregistrare a secvenţelor. Modalităţi de căutare a informaţiei. Aspecte privind analiza bioinformatică a secvenţelor de interes. Modele de aliniere a secvenţelor. Instrumentele bioinformatice utilizate pentru aliniere. Analiza statistică a alinierii secvenţelor. Metode utilizate în analiza filogenetică. Alegerea secvenţelor pentru obţinerea arborilor filogenetici. Modelarea structurii secundare a ARN-ului. Analiza genomului. Asamblarea secvenţelor genomului şi identificarea genelor de interes. Resurse Web şi instrumentele computaţionale pentru analiza genomului. Metode de identificare a genelor la procariote şi eucariote. Instrumente bioinformatice utilizate în identificarea genelor. Clasificarea proteinelor în baza similarităţii secvenţelor. Vizualizarea structurii moleculare a proteinelor. Modelarea structurii proteinelor utilizând instrumentele bioinformatice.

Lista surselor bibliografice obligatorii la curs
M. Duca, A. Leviţchi, V. Munteanu, O. Budeanu, A. Port. Bioinformatica, Ghid practic pentru analiza genelor şi proteinelor. Editerra Prim, Chişinău 2010, 139p; David W.Mount. Bioinformatics.Sequence and genome analysis. Cold Spring Harbor, New York, 2004, 665 p; Jean-Michel Claverie, Cedric Notredame. Bioinformatics for Dummies. Wiley Publishing Inc., 2003, 432 p.; David L. Nelson, Michael M. Cox. Lehninger Principles of Biochemistry. W. H. Freeman Publisher, 2004, 1100 p.; Harvey Lodish, Arnold Berk, Chris A. Kaiser, Monty Krieger, Matthew P. Scott, Anthony Bretscher, Hidde Ploegh, Paul Matsudaira. Molecular Cell Biology. W. H. Freeman Publisher. 2007, 973 p.; Bruce Alberts, Alexander Johnson, Julian Lewis, Martin Raff, Keith Roberts, Peter Walter. Molecular Biology of the Cell. Garland Publisher, 2002, 1616p.

Evaluarea
Activitatea studentului va fi monitorizată şi va fi apreciată prin note. La sfârşitul cursului va avea loc examenul final (120 min., la calculator), care va include un test complex de întrebări la nivel de cunoaştere, integrare şi aplicare a cunoştinţelor. Nota finală se va constitui din reuşita academică demonstrată în activitatea în cadrul orelor de curs şi la lucrările de control (25%), proiectul de cercetare şi activităţile individuale în clasa multimedia (35%), şi examenul final (40%).

Onestitatea academică
Vă încurajez să vă ajutaţi reciproc în cadrul seminarelor şi activităţilor multimedia, efectuând temele în cadrul activităţilor individuale. Reţineţi, fiecare temă, activitate sau lucrare prezentată spre evaluare trebuie sa fie una personală. Nu se acceptă plagierea, copierea, utilizarea materialelor din internet, etc.